L’objectif de l’évaluation des incidences est la compatibilité du projet étudié avec les objectifs de conservation du ou des sites Natura 2000 à proximité. Elle permet d’analyser les effets significatifs du projet sur les habitats et les espèces végétales et animales ayant justifié la désignation du ou des sites Natura 2000.
En cas d’effets siginificatifs, l’autorité décisionnaire doit s’opposer au projet (sauf projet d’intérêt public majeur et sous certaines conditions décrites ci-après). Seuls les projets qui n’ont pas d’impact significatif peuvent être autorisés.
Le dispositif d’évaluation des incidences Natura 2000, codifié aux articles L.414-4 et suivants et R.414-19 et suivants du code de l’environnement, résulte de la transposition d’une directive communautaire, la directive 92/43 dite « Habitats, Faune, Flore ».
La réglementation a prévu une procédure par étape et la possibilité de ne fournir qu’un dossier « simplifié ».
L’étude d’incidences Natura 2000 comprend :
Une première phase qui correspond à un pré-diagnostic de la situation (l’évaluation préliminaire) qui détermine s’il faut ou non poursuivre l’étude. Une analyse non détaillée des habitats et des espèces présents est réalisée sans inventaire ou prospection de terrain. Si le pré-diagnostic conclut à l’absence d’impact sur le ou les sites Natura 2000, un dossier simplifié est présenté.
A l’issue de cette première phase, si le projet a une ou des incidences potentielles sur le site ou les sites Natura 2000 concernés, une analyse approfondie est réalisée. Elle prend en compte des paramètres comme la sensibilité des espèces concernées, leur cycle de vie, etc. Dans ce cas, un dossier complet est constitué, avec des inventaires faune-flore adaptés.